Dal 1470 al 1478 fu costruita la nuova chiesa in stile romanico con due navate laterali e, nel 1581, fu aggiunta la cappella poi intitolata a San Carlo. Nel corso dei secoli furono costruite la grande cappella del SS. Sacramento (1591) e le due sagrestie, l’abside e l’altare maggiore (dal 1750 al 1758).
La chiesa, nella sua configurazione attuale, presenta una croce latina, ha tre navate e cinque altari. Diversi componenti della famiglia Fossati ebbero un ruolo determinante nella costruzione di questa chiesa che oggi si presenta con imponenti sottocostruzioni ad archi ed archetti a sesto acuto, assumendo un aspetto architettonico solenne e, nel contempo, pittoresco.
Di grande importanza storica e artistica è l’interno della chiesa dove rimangono i pilastri romanici in cotto della costruzione primitiva, a sostegno dei grandi archi che dividono la navata mediana dalle navate laterali. La piccola volta, in fondo alla navata laterale di levante, è considerata una delle decorazioni di volta del tardo Quattrocento (1480 – 1490), fra le più belle presenti oggi in Lombardia. Vi sono pure affreschi del primo Cinquecento di scuola lombarda nella navata principale come nella navata di sinistra (del 1595 e del 1614), mentre l’altare maggiore, di un pregevole barocco, risale al 1782 e ha marmi lavorati nelle botteghe di Viggiù. L’altare di marmo bianco, invece, è un’opera moderna dello scultore Tiravanti.
Nella chiesa si trova la cappella della Pesca Miracolosa. Un dipinto murale cinquecentesco che costituisce una delle più preziose testimonianze pittoriche di epoca rinascimentale presenti nel Canton Ticino. La cappella, collocata verso il 1520, è stata recentemente attribuita all’artista locale Bartolomeo da Ponte Tresa, attivo in vari cicli pittorici del territorio luganese, tra cui la cappella Camuzio in Santa Maria degli Angeli a Lugano. Il dipinto si rifà alla celebrazione di un importante momento storico di Morcote, infatti, l’episodio che vi è raffigurato intendeva alludere, nell’intenzione dei committenti, al godimento dell’honor piscium che i duchi di Milano avevano concesso ai morcotesi già dal XV secolo. Un privilegio che garantiva loro piena autonomia di pesca nel lago e l’esenzione dei dazi all’interno del ducato. Questa connessione storica è fortemente sottolineata dal paesaggio lacustre dipinto al centro della scena e richiama il panorama che si gode dal sagrato della chiesa. Nel 2016, il dipinto è stato oggetto di un accurato restauro, ad opera di alcuni studenti del Master del Corso di Laurea di Conservazione e restauro della SUPSI, Scuola Universitaria Professionale della Svizzera Italiana, con il sostegno del Comune di Morcote e della Confederazione. Un intervento di restauro, molto delicato e complesso finalizzato al recupero della cromia del tempo, effettuato dopo un’attenta analisi delle caratteristiche tecniche dell’opera e un approfondito studio storico scentifico, avvenuto anche grazie ai documenti custoditi presso l’archivio dell’Ufficio dei Beni Culturali di Bellinzona, e il contributo dell’Istituto materiali e costruzioni dell’università.